Le MSI présente de nombreux avantages par rapport aux installations à base de "setup.exe" ordinaire. Parmi eux:

• Vous êtes sûr de trouver une entrée dans Ajout/Suppression de programmes, dans le Panneau de configuration Windows.
• Ce qui a éé installé sera désinstallé, ni plus ni moins. Cela signifie que si un MSI a créé un répertoire C:\MonRep\, y a copié MonFichier.exe, et que si ensuite, vous avez ajouté le fichier C:\MonRep\MaConfig.ini, la désinstallation du MSI supprimera tout, excepté le fichier MaConfig.ini. C'est propre.
• La phase d'installation et de désinstallation est intelligemment conçue. Elle utilise des compteurs. Ainsi, si une clé de registre est utilisé par 4 applications et que vous en désinstallez 3, la clé demeure. Jusqu'à ce que vous désinstalliez aussi la quatrième application.
• Il existe un mode réparation, qui se lance automatiquement dans le cas où un fichier clé aurait été supprimé.
• Les fichiers ini partagés ne sont jamais écrasés. Au lieu de cela, ils sont lus, et dynamiquement modifiés. A la désinstallation du MSI, les fichiers ini recouvrent leur apparence d'origine.
• Pas de conflit DLL à craindre.
• Les mises à jour d'une version à une autre sont plus aisées.
• Et beaucoup d'autres avantages non mentionnés ici.